当允许正当的学术争议和批评，法律不应当加以限制和干涉。由此，被告作为行业专家有权对原告研究成果作出评价。
法院认为，饶毅的行为并未超出学术评论的合理界限，学者根据自己掌握的知识和经验对另一位学者的研究成果作出评论，即便有不当言辞，也非是对原告名誉的恶意侵犯。而从原、被告之后在专业刊物上进行的相互回应的事实看，这种观点的交锋应属于学术讨论范畴，饶毅也不存在损害原告名誉的主观故意。
此外，从促进学术争鸣以及净化学术风气角度而言，司法应为学术批评设定较为宽松的环境，学术上的争议可通过当事人之间的辩论、公布原始数据、进行重复试验等方式予以澄清，鼓励真理越辩越明。
关于争议焦点二，法院难以认定被告行为对原告名誉造成了损害，而从原、被告双方事后随即在相关学术期刊和载体上发表学术争议看，已表明双方关于是否造假的争议，实质上是医学研究上的学术争议，而非原告论文是否存在研究手段故意造假的争议。因此难以支持原告名誉侵权的诉求。
但法院也指出，被告行为虽未造成侵权后果，但确实存在言辞过激、方式方法不当等问题，应给予批评。
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