守刘政、辽东郡太守阳终等汉官，汉灵帝派遣孟益、公孙瓒等人讨伐张纯、张举、丘力居等人；
同期，南匈奴反汉，南匈奴军队攻入并州，袭杀并州刺史张懿、西河郡太守邢纪等汉官，汉灵帝派遣右车骑将军朱儁率军讨伐；
同期，凉州叛军攻打凉州汉阳郡，汉阳郡太守傅燮死战不降、壮烈殉国。叛军内，被迫加入叛军的韩遂密谋寻机，一举杀死北宫伯玉、李文侯、边章等叛军头目，吞并了北宫伯玉、李文侯等人的部分势力，并且得到了马腾等人的拥护，成为凉州军阀之一，韩、马等人推举凉州名士阎忠成为叛军新首领，阎忠不肯助纣为虐，愤恨而死。
阎忠在黄巾之乱结束时曾劝说皇甫嵩趁机发动武装政变，诛杀宦官外戚，但皇甫嵩没有听从。早年时，阎忠在其老家附近一带发现一个长得平平无奇的男孩，认为此男孩拥有奇才，此男孩姓贾名诩。
年底，荆州长沙郡人区星、零陵郡人周朝、桂阳郡人郭石等举兵起义，议郎孙坚被朝廷任命为长沙郡太守，负责镇压区星、周朝、郭石等起义军。孙坚在一个月内就荡平了起义军，被朝廷封为乌程侯；
这一年，诸葛瑾、诸葛亮、诸葛均的父亲诸葛珪病逝。
西元188年，二月，黄巾军余部白波军在并州白波谷崛起；
三月，汉灵帝接纳刘焉的建议，正式设立“州牧”一职，此举与当初汉灵帝在黄巾之乱期间允许地方官员、地方豪强等组建地方军队协助朝廷军队镇压黄巾军一样，彻底地打开了地方割据、诸侯并起的潘多拉魔盒，把东汉王朝推进了万劫不复的深渊；
六月，益州人马相、赵祗等举兵起义，自称黄巾军，袭杀益州刺史却俭，益州巴郡蛮人同时乘机反汉，汉灵帝任命刘焉为益州牧，对起义军和蛮人进行镇压讨伐；
八月，汉灵帝在西园成立汉军统帅部，组织新军，设立了“西园八校尉”，袁绍、曹操都为八校尉之一，八校尉之首为宦官蹇硕。蹇硕在名义上是汉军最高指挥官，连大将军何进也要受其节制和指挥，汉灵帝此举让宦官集团得到了很大的军权，激化了宦官与外戚的关系；
十月，陶谦被朝廷任命为徐州刺史，孔融、刘备前去拜会以祝贺；
年底，冀州刺史王芬、荆州南阳郡人许攸、豫州沛国人周旌等人密谋诛灭宦官集团并且废黜汉灵帝，拥立汉室宗亲、合肥侯刘杰为帝，许攸联系故交好友、西园八校尉之一的曹操，希望曹操能够加入，但曹操认为时机未到，给予拒