因为统治黑客帝国世界的不是肉体孱弱的人类，而是冰冷无情的机器。
在新世界里，最开始只有人，文明曾经繁荣昌盛，后来人类按照自己的样子制造了机器人。
开始的一段时间也还是美好的，机器人承担了几乎所有繁重的体力劳动，而人类对于自己制造的工具却相当的苛刻。
直到有一天，一个型号为b1-66er的机器人，撕碎了自己的主人，它随即遭到审判，结果是同型号的机器人全部被终结。然后迅速演变为人类对机器人的大规模屠杀。
被流放的机器人来到人类的发源地“迦南”，建立了一个新的国家。
国名为【zero-one】，就是0和1。
zero-one很快发展出超越人类智慧的ai，制造业一路领先，致使人类社会经济下滑，于是人类开始对zero-one实行经济封锁，企图孤立机器国。
zero-one派出大使来到联合国希望与人类和睦共处，但人类不答应。
人类率先发动了战争，使用核武器攻击zero-one，但机器人对于核弹产生的高温和辐射并不惧怕。机器开始全面反击，很多人类世界都被占领。
人类想出了终极办法，他们认为机器的能源主要是来自于太阳能，于是制造了黑幕遮蔽了太阳。
然而还是没什么用，机器对人类的身体非常熟悉，机器开始大规模培植人类胚胎，将人的思维梦境接入网络，形成一个虚幻的人类社会，收集利用人类的喜怒哀乐产生的生物电能，成为机器的方便能源，为机器世界供电，这个网络系统就是矩阵。
为了更好的控制人类，人工智能发明了电脑人，即：完全有着人类的基因，脑部进改良，可以通过插孔接入虚拟神经网络——矩阵。
虚拟神经网路可以模拟现实，通过电磁信号让大脑产出现实幻觉。实现完完全全的控制，这是一种从身体到灵魂的绝对控制。从此传统的纯种人类在地面上基本彻底灭绝。人类的基因存在于电脑人中，思想存在于母体中。
但是纯种的人类并没有灭绝，在星球的地下溶洞里还存在一个名叫锡安的反抗组织。
紧接着，故事开始了，在矩阵中生活的一名年轻的网络黑客尼奥发现，看似正常的现实世界实际上似乎被某种力量控制着。
而在现实锡安中生活的人类反抗组织的船长墨菲斯，也一直在矩阵中寻找传说的救世主，就这样在人