要不是机器文明故意留着他们配合升级程序，几十万蒙在鼓里的人类可能早就没有了。
所以，为了找到彻底找到解救人类的方法，相信救世主存在的墨菲斯等人，利用脑机设备开始不断出入矩阵之中。
他们会在矩阵中找到觉醒者，并且将其彻底唤醒，等到觉醒者从真实事界里苏醒过来，被智能机械丢进污水管道里后，再进行打捞救人。
罗森看着几十米外低矮楼宇上身穿黑色皮衣的一男一女，也差不多明白了他们刚才为什么救了自己。
看见杀毒程度变成的黑衣探员，那两人可能是把他当成觉醒者了。
细细看去，来的人罗森有点眼熟。
黑人船长墨菲斯，以及女主角崔妮蒂。
两人为什么会出现在这里，现在又是什么时间，剧情发展到哪一步了？
以上问题，现在全部没有答案。
墨菲斯是个权限很低的人物，他的作用是救出尼奥的身体，初步启迪尼奥，引导尼奥回到矩阵的电脑主机，交出身上携带的密码。
墨菲斯来自于母体，他的思想局限于母体的安排。
到了后期，尼奥回到了万物之源，但是战争依然没有结束，所以墨菲斯整个人才蒙了。
这时候他才发现自己被骗了，他并不知道自己也是高级程序先知的一枚棋子。
自己所有的动作只是矩阵在自己潜意识中的安排，所以这个时候他的信仰崩溃了。
而女主角崔妮蒂是一个更悲催的人物，她在矩阵中的权限比墨菲斯要高，她可以复活尼奥，是这次矩阵升级的关键变量因素，决定这尼奥的思想行动。
崔妮蒂和尼奥的爱情，产生了矩阵不可控制的行为。这种行为进一步加剧了人工智能机器的危险，最后尼奥通过自我牺牲达成短暂的和平协议。
崔妮蒂表面上是一个自由人，其实是被高级智能程序先知控制的，思想的控制。
先知告诉她她会爱上一个人，然后她就偷偷的在母体中观察尼奥。然后假装爱上尼奥，然后真的爱上了。
这种爱情是人类思维意识的奇妙之处，身为高级程序的先知和建筑师并不能真正的明白其中的意义，产生的行为也是他们两个不能控制的，所以才产生了尼奥的反面程序史密斯。
尼奥是电影的主角。
他的本体是个电脑人，和千千万个矩阵中的人一样，他的脑部是改装过的，他