有大功，所以决定留下他们家的居城。
按照一国一城令，令制国内有数个大名，则二十万石以上的才能建造居城，其余不足二十万石的大名都将居住于守护居城内。
按照小笠原辉长的规定，小笠原家内的家臣并没有哪一个是有二十万石的，基本都是万石左右。
所以按照一国一城令，他的家臣们都得居住于他规定的居城内。
如，美浓国内，家臣们都必须废掉居城，全部搬迁到稻叶山城居住，至于他们的领地内务都将交给家臣团处理。
家臣团在领地里不能修建城池，只能修建阵屋或是庄园，防御力并不高，但是可以防御山贼暴民等。
为了防止家臣起异心，小笠原辉长设立了三大佬九奉行共十二人的顶层家臣团。
三大佬为各个家臣家中的谱代重臣担任，每一位大佬可以管理三个奉行，商议事情由其十二人表决，不过三大佬的票数为九票，也就是一人三票。
这九位奉行因为事物分为外务奉行、内务奉行、武奉行、礼奉行、吏奉行、工奉行、商奉行、刑奉行、治安奉行。
外务奉行主管外交事宜，主要是与朝廷和幕府之间的联络，内务奉行就是指管理领国内部事务的，包括行政事务。
武奉行主管武士、足轻的安排等事情，同时还有考核武士武艺的职责，当幕府有战事征召时由武奉行与幕府对接。
礼奉行主管家内礼仪以及武士文化类考核。吏奉行安排家内武士在家中的任职，其余九位奉行里的官吏皆由吏奉行推举给三大佬。
工奉行主管国内建设，包括基础建设和民事建设，国内居民修筑建筑都需要找工奉行登记。战时有打造武器之责。
商奉行主管领国内商业行为，督促商人们交税。刑奉行主要就是抓捕违反律法的事情，包括武士都可以抓。
这些适用于一万石以上的大名可用。
一万石以下的可以自行安排。
至于小笠原辉长这里就设立了秘密部门，部长就是饭纲信元统领，副部长为出蒲清種，以及伊贺国的守护仁木义政被小笠原辉长的条件降服，投靠了小笠原辉长。
以至于伊贺国的国人服部氏加入小笠原辉长的麾下。
服部氏出名的就是服部半藏了。
伊贺众由著名的“三上忍”统领，即服部、百地和藤林。
服部氏相当有名，因为他们志向高、眼界宽，