天荒地进入北京，在北京立足，直至病逝并葬于北京。
利玛窦在世时，龙华民一直遵从“利玛窦规矩”，从未在任何场合表现出对于该规矩的反对。在利玛窦及其他中外耶稣会士看来，他就是“利玛窦规矩”最忠诚的拥趸。
但万历三十八年利玛窦去世之后，接掌教务的新任会长立刻改弦易辙。他首先宣布废除“天”、“上帝”、“天主”、“灵魂”等词，一律采用译音，将deus译为“陡斯”。
其次。他宣布中国人祭天、祭祖、祭孔的传统与教义相悖，宣称真正的圣教教徒不应该继续进行这些富有迷信、崇拜要素的活动。
“礼仪之争”由此肇始。
礼仪之争最直接的结果就是在华耶稣会内部爆发了严重的分歧。以龙华民为首的澳门总会，与两京路线上的各分会展开了长达数年的论战。
支持“利玛窦规矩”的人较多，并以故去的利玛窦为精神领袖，但他们却没有一个真正的领袖。反对“利玛窦规矩”的人虽少，但龙华民却是实打实的耶稣会现任会长。
两方论来论去，始终没能达成一致意见。为避免分歧演化成分裂，两方决定让返回欧洲汇报教务的金尼阁将此问题提交罗马教廷决定。
教廷是教事的绝对权威，只要教宗就此事颁布诏谕，无论结果如何另一方都将无话可说。
但在教廷的诏谕到达之前，皇帝的圣旨却先一步宣告了传教事业的死刑。
万历四十四年，礼部侍郎署南京礼部尚书沈三次参奏在华耶稣会传教士与白莲教有染。
这次攻击绝非无的放矢。沈正是看到了龙华民的改弦易辙以及耶稣会内部动荡，才发起了进攻。他判断，此时的皇帝必然不会像利玛窦在世时那样袒护耶稣会。
五月、七月、十二月，沈三上参远夷疏，并得到内阁首辅方从哲及阁臣吴道南的支持。方从哲入场“南京教案”不是对沈的雪中送炭，而是锦上添花。首辅大人正是算准了皇帝的心思，才顺水推舟地帮了老乡沈一把。
首辅的支持就像是风向标，原本中立的或是偏向耶稣会的大小官员全部转向，如洪水般朝耶稣会扑来。徐光启、杨廷筠等支持者独木难支。
皇帝被说动了：既然尔等视“三祭”为邪祀，认为“唯一真神”并非“昊天上帝”而另为他物。那尔等就滚出大明的地界，朕不杀尔等已是额外开恩。
万历四十四年十二月二十八日，神宗罕见地下旨表态：王丰