肃等人“立教惑众，蓄谋叵测。”，交由广东督抚驱逐出境；庞迪俄等在京参与修历的教士也勒令遣返。
至此，南北两京的西洋传教士全部被驱逐出境。
龙华民固执地相信，耶稣会之所以受到教案的打击，是因为朝内的声量不够。但他没有或者不愿意识到的事情是，本次打击不止是朝内声量大不大的问题，更是他自己犯了右的错误。
经过南京教案的重大打击，耶稣会内部普遍认为龙华民的传教方式存在问题，认为“利玛窦规矩”不应被废止。这给了龙华民巨大的压力。
但耶稣会又不搞元老院式的贵族共和，理论上能够任免会长的只有远在欧洲的教廷。利玛窦也是得了教廷的授权才能在临终时任命龙华民为会长。
万历四十六年三月，教廷的诏谕姗姗来迟，但没有任何意义。
教宗保禄五世此时正努力维持哈布斯堡王朝和法兰西波旁王朝之间的和平，企图再次组织十字军进攻奥斯曼帝国。根本没有额外的精力组织教廷讨论远东地区的传教问题。
所以教宗只是同意了没有争议的圣经翻译问题，并恩赐金尼阁一系列图书，让他带回大明。
金尼阁带回的消息并没有弥合耶稣会内部的分歧。万历四十八年，神宗驾崩前一个月，郭居静返回澳门，决定就“利玛窦规矩”的问题与龙华民展开最后的谈判。
他已下定决心，如果这次谈判仍然无法劝服龙华民，那么他永远离开澳门总会，去杭州，去他与利玛窦临别前约定的相会地点过完自己的余生。
但就在谈判陷入僵持之际，广东香山县县衙带着礼部的函件，来到了澳门耶稣会总会，圣保禄教堂。
礼部的邀请函和徐光启的私人信件让龙华民坚信，并非是自己“拨乱反正”的行为触怒了皇帝，而是在朝声量不够。只要加大力度支持徐光启，并发掘其他心向圣教的朝廷重臣，就能够左右皇帝的意志。既然当年利玛窦能凭借自鸣钟获得万历皇帝的青睐，那他龙华民带着价值远超当年的贡物，又何愁不能赢得新君的赏识呢？
但郭居静却认为，这是皇帝给耶稣会最后的机会，如果龙华民一意孤行，再在中国教徒中间搞什么“反孔”、“反儒”、“反传统”，一定会丢掉这个天赐的机会。
看着借酒意拍案而起的郭居静，徐光启的嘴角泛起一丝笑意。他眼角的余光飘向屏风，似在欣赏上面的锦绣花纹。
徐光启举起酒杯，朝着紫禁城的方向微