赵高最终还的带走了朱慈烺这个倒霉孩子，如果历史没有改变的话，等过两天李自成攻破北京城，这个孩子被大太监带去敲自己外公的人，然后会被外公赶走，最终下落不明。
与之一起的还有礼部侍郎方逢年，崇祯的原话是此人能力有限，但是资历够老又足够忠诚，如果太子年幼不能服众的话，有他在，平稳朝堂就很有用处。这大概也是他最后一个还能帮上点忙的大臣，剩下的那些大臣，有的已经准备投靠新主博取富贵，有点则准备杀身成仁博取名声，从崇祯看来，后者并不必前者高尚多少。
三月十七日，崇祯最后拒绝李自成的议和条件。三月十八日，李自成亲自率军攻打九门，太监曹化淳献彰义门，兵部尚书张缙彦献正阳门，外城陷落。三月十九日，崇祯召集百官却无一人至，以发覆面自缢于煤山之上。
此时的赵高已经带着朱慈烺沿着运河到了沧州，等待崇祯殉国的这一天，赵高准备好了香案，让小太子站在船头，对着北方而拜，小太子骤逢巨变，眼前只有方逢年算是老熟人，从他八岁开始就是他的老师，不由得把目光投了过去，方逢年此时虽然没有得到消息，但他人老成精，大概也知道发生了什么，便示意小太子行三拜九叩大礼，自己在一旁痛哭不已，草草行过礼之后，赵高迅速把香案全都扔进了运河之中，再次赶路，他必须在南明的皇帝继位之前把小太子朱慈烺送到南京。
好在去南京的一路上顺风顺水，虽然到处都是乱兵杂匪，可赵高带出来的这五百名军士甲胄鲜明，倒也没有哪个不懂事的前来挑事，等船行到了扬州，与赵高的“翼军”再次汇合的时候，已经是四月二十，此时崇祯的死讯已经传到了留都南京，南京的文臣武将已经决议立藩王为帝，然后挥师北上恢复国土，但具体拥立何人则相互之间争吵不休。
根据“皇明祖训”，有嫡立嫡、无嫡立长，神宗长子光宗一脉已无人能继位，而次子朱常溆甫生即死，三子朱常洵虽已亡故，但其长子朱由崧仍健在的情况下，按照兄终弟及、父死子继的顺序，第一人选为福王朱由崧（前有嘉靖帝继位为例）；但钱谦益等东林党人则由于之前的“国本之争”事件，心存芥蒂，违背了东林党在国本之争中的立场，以立贤为名拥神宗弟弟朱翊镠之子潞王朱常淓；史可法则主张既要立贤也要立亲，拥立神宗七子桂王朱常瀛。三派之间互有纷争，几乎要兵戎相见，而复社之中，意见也早已分裂，不过相互协调之下，各方势力还在相持着。
而此时的福王朱由崧，已经