家坝与贼兵相遇，天正下着大雨，各位将领竭力作战，贼兵死伤不计其数。后来因为粮食吃光他们只好率兵返回。
九月，阶州陷落，变蛟与左光先同时被扣发了俸禄。不多久被提升为都督佥事，担任临洮总兵官。这个时候，洪承畴孙和传庭一起誓师要消灭贼兵，传庭在东面作战，承畴在西面，东面的贼兵几乎全部被剿灭完了，在西面的贼兵又从阶州、成县出击西和与礼县。
光先、显祖都没有立什么战功，只有变蛟降服了小红狼。剩余的贼兵逃窜到徽州、西当、成县、凤县一带，不敢大肆逞凶了。
十月，贼兵窥测到四川兵力空虚，就占领了宁羌州，分兵三路，连续占领了三十多个州县。承畴率领变蛟从沔县经过宁羌，翻过七盘、朝天两座山关，由于山高路窄，军马饥饿疲劳，年底才抵达广元，贼寇已经返回去陕西。变蛟等返回拦截，斩获五百多首级。
当时兵部尚书杨嗣昌创立了“四正六隅”的战略计划，限期三个月剿尽贼兵。
崇祯十一年四月因为逾期未能消灭贼兵，对各级官兵遍行降罚，朝廷把变蛟、光先贬官三级，让他们戴罪办理剿贼事务。
贼兵再次进入陕西以后，他们的首领有一个号称六队的，同大天王、混天王、军管王四部联合向东进犯。混天星、过天星两支队伍仍然潜伏在阶州、文县两地，只有李自成在三月里从洮州出兵西番。
洪承畴命令变蛟同贺人龙追击他们，连续作战，共斩敌六千七百多首级。
西番地面上缺少粮食，贼兵死亡很多。变蛟转战千里，身穿的铠甲有二十七个昼夜没有解下过。剩下的贼兵败逃到边塞上去了。
祖大弼驻守洮州，扼防贼兵不够得力，给他们逃到岷州以及西和、礼县一带的山中。变蛟返回围剿，贼兵躲藏起来，不敢出战，只有六队的势力还很嚣张。六月，左光先从固原出兵，贼兵已逃到陇州、清水。左光先追到秦州，六队同争管王又逃到成县、阶州，被变蛟遏制住。他们的分支部队号称三队的及仁义王、混天王的贼群向光先投降了，而李自成、六队及其同党祁总管避开陕西的明军，又谋划进犯四川，副将马科、贺人龙挡住了他们。
他们打算回到阶州、文县以及西乡一带，又害怕变蛟，于是逃到汉中去，路上又被光先遏制了，不能往前进。六队、祁总管都投降了，只有李自成往东边跑掉。洪承畴命令变蛟穷追不舍，又在潼关南部的平原地带设下三支伏兵。变蛟追上贼兵，大声喊叫着挥刀就砍，三支