伏兵又全部出动,贼兵尸体横七竖八地堆了一地。村民们也用大棒追击逃贼。李自成的妻子、女儿都丢失了,带着七个骑兵逃离,其余的贼都投降了。当时变蛟的兵力最强,各军靠着他才坚不可摧。朝廷评定他在关中剿贼的功绩,提升他做了左都督。
十一月,京师戒严。朝廷召洪承畴去保卫京师,曹变蛟和左光先跟随着他。
第二年二月,他们抵达京师周围,崇祯帝派使者前来迎接、慰问,将士们都得到了赏赐。不久,变蛟在浑河作无功,又在太平砦的北面作战,获取了一点战果。等到戒严解除后,变蛟被留下来驻守遵化。他的部下都是陕西兵,因想念家乡,有许多逃亡的人,变蛟对他们加以追捕、斩杀后军心才安定下来。这时张献忠、罗汝才投降以后又再次反叛,陕西又开战了。总督郑崇俭请求让变蛟率兵西去,皇上不答应,不久任用变蛟当了东协总兵官。
五月,锦州告急,变蛟跟随洪承畴出山海关,驻守宁远
七月,变蛟和援剿总兵官左光先、山海总兵马科、宁远总兵吴三桂、辽东总兵刘肇基在黄土台以及松山、杏山遭遇清军前锋,双方互有伤亡,清军退后驻扎到义州。洪承畴打算让变蛟、左光先、马科的部队进关来养精蓄锐,留吴三桂、刘肇基的部队在松山、杏山之间活动,假装着进攻的样子。