二年（1335）小笠原贞宗被补任为信浓国守护，把原领地的埴科郡船山定为守护所。
但是，由于建武新政的恩赏有很多缺乏公平的地方，而且采取了可以说是“时代错误”的政治姿态，引起了武士们的诸多不满，尊奉足利尊氏为首领的呼声日渐高涨。
七月，拥立北条高时遗孤-北条时行的诹访一族攻打了守护所。
此时，贞宗正在迎击北条军；虽然派出了府中镇抚军，但是却被时行趁势攻占镰仓，并驱逐了尊氏的弟弟直义。
这就是为世所称的“中先代之乱”。危乱之际，尊氏在未经天皇许可之下，下行东国，镇压时行军，并夺回了镰仓。
由于镰仓的足利尊氏无视天皇再三的归洛诏令，后醍醐天皇以新田义贞为大将，派遣了讨伐军。
至此，尊氏与后醍醐天皇决裂，历史也进入了南北朝的内乱时代。
之后，历经波折，足利氏的北朝终于占了上风，由尊氏开创了足利幕府。
期间，小笠原氏归属于足利氏，并且依靠出色的表现巩固了自己的地位。当时，为了让世人知晓足利政权内的小笠原氏的地位，在康永四年（1345）八月特意举行了为后醍醐天皇准备的天龙寺供养仪式。
在这个供养仪式上，有众多的武士随从，而当中的先阵十二人中就有总领小笠原政长，供奉武士三十二人名单当中，也有政长的弟弟政经以及一族的政光??宗光的名字。
小笠原氏之所以能担当先阵，不单是因为信浓守护家的地位，也显示出当时其在幕府政权内受到的特殊优待。
后来，南北朝内乱并没有因此而结束，信浓国内也没有纳入守护小笠原氏的统治之下。南朝的宗良亲王入主信浓，文和四年（1355），在宗良亲王手下聚集的信浓南朝势力的诹访氏和仁科氏等一族举兵倒幕，与小笠原长基的军队在桔梗原交战。
合战最后以小笠原氏的大胜告终，之后信浓的南朝方势力衰退，逐渐被幕府政治所渗透。
但是到了1400年，小笠原长秀惹恼了信浓的国人和豪族，发生了大塔原合战。
以村上氏为首的大文字一揆（暴动）众人，集聚北??东??中信地方的国人起兵反对守护长秀。
此时，服从守护长秀的是小笠原氏地盘上的伊那??府中地方的武士。
这就是被称为“大塔会战”的战斗。这起事件毫无疑问的印证了南北朝以来小笠原氏与国人众